При подписании УПД в диадоке надо выбрать «дополнительные параметры».
В появившиеся два поля вписать Тип: СвВыбытияМАРК и Значение: 1
Подписать.
В это случае списание в честном знаке произойдёт автоматически.

Иначе придется в честном знаке создавать документ выбытия вручную.

https://честныйзнак.рф